Nata come Servizio di Endoscopia, dal 1988 è divenuta Divisione con 12 posti letto. Dal 2000 Mestre e Venezia sono confluiti in un'unica entità. I posti letto sono disponibili solo presso l'Ospedale dell'Angelo di Venezia-Mestre, mentre sono attivi posti di Day Hospital, sia a Mestre, che all'Ospedale SS. Giovanni e Paolo di Venezia, che all'Ospedale al Mare di Venezia-Lido.

Nella sede dell'Ospedale al Mare del Lido di Venezia, solo il mercoledì, si effettuano Visite gastroenterologiche, EGDS, Colonscopie, Ecografie del fegato, delle vie biliari e del pancreas e Urea Breath Test.

Della Divisione fa parte l'Unità di Coloproctologia presso l'Ospedale dell'Angelo di Venezia-Mestre gestita con la collaborazione della Divisione di Chirugia.